Αποστολή του ΠΑ.Κ.Ε.Κ. είναι η ανάπτυξη βασικής, εφαρμοσμένης και διεπιστημονικού χαρακτήρα έρευνας, στο πλαίσιο της Εθνικής Στρατηγικής Έρευνας, Τεχνολογικής Ανάπτυξης και Καινοτομίας και της Εθνικής Στρατηγικής Έξυπνης Εξειδίκευσης, η προαγωγή της διεπιστημονικής γνώσης, της τεχνολογίας και της καινοτομίας, η διασφάλιση αποτελεσματικής αλληλεπίδρασης μεταξύ της εκπαίδευσης και της έρευνας, η κατάρτιση και αξιοποίηση ερευνητικού δυναμικού, καθώς και η ικανοποίηση των εκπαιδευτικών, ερευνητικών, κοινωνικών, πολιτιστικών και αναπτυξιακών αναγκών της χώρας και η συμβολή στην οικονομική ανάπτυξη σε τοπικό, εθνικό, ευρωπαϊκό και διεθνές επίπεδο.