Στο Δ.Π.Θ. λειτουργούν συνολικά τριάντα δύο (32) φοιτητικοί σύλλογοι. Εξ αυτών οι είκοσι (20) είναι οι προβλεπόμενοι ανά τμήμα σύλλογοι προπτυχιακών φοιτητών, οι επτά (7) είναι σύλλογοι μεταπτυχιακών φοιτητών (στα Τμήματα Νομικής, Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού, Κοινωνικής Διοίκησης και Πολιτικής Επιστήμης, Οικονομικών Επιστημών, Παιδαγωγικού Δημοτικής Εκπαίδευσης, Επιστημών της Εκπαίδευσης στην Προσχολική Ηλικία και Δασολογίας, Διαχείρισης Περιβάλλοντος και Φυσικών Πόρων).
Υπάρχουν δύο (2) σύλλογοι οικότροφων φοιτητών στην Κομοτηνή και στην Ξάνθη ενώ παράλληλα λειτουργούν και σύλλογοι αποφοίτων των Τμημάτων του Δ.Π.Θ. (Νομικής, Γλώσσας, Φιλολογίας και Πολιτισμού Παρευξείνιων Χωρών κλπ).