Η Διεύθυνση Οικονομικής Διαχείρισης είναι αρμόδια για τη διαχείριση των οικονομικών του Πανεπιστημίου, όπως θέματα προϋπολογισμού δαπανών, μισθοδοσίας και προμηθειών, και διαρθρώνεται στα Τμήματα :
- Τμήμα Προϋπολογισμού
- Τμήμα Δαπανών
- Τμήμα Προμηθειών
- Τμήμα Μισθοδοσίας
- Τμήμα Οικονομικής Διαχείρισης Ξάνθης
- Τμήμα Οικονομικής Διαχείρισης Αλεξανδρούπολης