Η Διεύθυνση Ακαδημαϊκών Θεμάτων είναι αρμόδια για τη σύνδεση του διοικητικού τομέα λειτουργίας του Δημοκριτείου Πανεπιστημίου Θράκης με τον ακαδημαϊκό και τη διοικητική στήριξη των ακαδημαϊκών μονάδων (σχολών, τμημάτων), για τα ακαδημαϊκά θέματα καθώς και για τα θέματα έρευνας.
Η Διεύθυνση Ακαδημαϊκών Θεμάτων διαρθρώνεται στα ακόλουθα Τμήματα:
α) Τμήμα Προπτυχιακών Σπουδών και Φοιτητικής Μέριμνας στην Κομοτηνή
Το Τμήμα Προπτυχιακών Σπουδών και Φοιτητικής Μέριμνας συντονίζει τα Ακαδημαϊκά Τμήματα για την ομοιόμορφη εφαρμογή των διατάξεων της κείμενης νομοθεσίας που αφορά στην κατάρτιση των προγραμμάτων σπουδών. Μεριμνά για τη συγκέντρωση των προγραμμάτων σπουδών των Τμημάτων και την παρακολούθηση κάθε τροποποίησής τους. Μεριμνά για την έγκαιρη ετοιμασία της ύλης του Οδηγού Σπουδών των Τμημάτων. Φροντίζει για τη διακίνηση των πανεπιστημιακών συγγραμμάτων. Εποπτεύει και συντονίζει την εκπαιδευτική δραστηριότητα των Τμημάτων. Ιδιαίτερα σε θέματα που αναφέρονται στο ωρολόγιο πρόγραμμα και στην πραγματοποίηση εξετάσεων. Μεριμνά για τα θέματα των εγγραφών, μετεγγραφών και κατατακτηρίων εξετάσεων των Τμημάτων που εδρεύουν στην πόλη της Κομοτηνής. Παρέχει πληροφορίες σε κάθε ενδιαφερόμενο, αναφορικά με θέματα σπουδών και έρευνας. Συντονίζει τα θέματα υγειονομικής περίθαλψης, δωρεάν σίτισης, στέγασης, φοιτητικών εκδρομών, δανείων, υποτροφιών κ.λπ. Προωθεί περαιτέρω τις αποφάσεις των ακαδημαϊκών μονάδων που εποπτεύει. Λειτουργεί «Μονάδα Υποστήριξης Αλλοδαπών Φοιτητών» της οποίας αποστολή είναι η υποστήριξη των αλλοδαπών φοιτητών που εγγράφονται σε προγράμματα σπουδών πρώτου, δεύτερου και τρίτου κύκλου του Δημοκριτείου Πανεπιστημίου Θράκης.
β)Τμήμα Μεταπτυχιακών Σπουδών και ΄Έρευνας στην Κομοτηνή
Το Τμήμα Μεταπτυχιακών Σπουδών και ΄Έρευνας παρέχει οδηγίες στα Ακαδημαϊκά Τμήματα για την οργάνωση και λειτουργία μεταπτυχιακών προγραμμάτων σπουδών και προγραμμάτων επιστημονικής έρευνας. Προωθεί προτάσεις για την έγκριση Μεταπτυχιακών Προγραμμάτων Σπουδών. Μεριμνά για την έγκριση από τη Σύγκλητο των υποβαλλομένων προτάσεων και για τη λειτουργία Μεταπτυχιακών Προγραμμάτων Σπουδών.
γ)Τμήμα Ακαδημαϊκών Θεμάτων Ξάνθης στην Ξάνθη
Το Τμήμα Ακαδημαϊκών Θεμάτων Ξάνθης έχει ως αντικείμενο κυρίως τη διοικητική στήριξη στα ακαδημαϊκά θέματα και στα θέματα έρευνας των ακαδημαϊκών μονάδων που εδρεύουν στην Ξάνθη. Το Τμήμα έχει ειδικότερα τις εξής αρμοδιότητες: Συντονίζει τα Ακαδημαϊκά Τμήματα που εδρεύουν στην Ξάνθη για την ομοιόμορφη εφαρμογή των προγραμμάτων σπουδών. Μεριμνά για τη συγκέντρωση των προγραμμάτων σπουδών των Τμημάτων και την παρακολούθηση κάθε τροποποίησής τους. Μεριμνά για την έγκαιρη ετοιμασία της ύλης του Οδηγού Σπουδών των Τμημάτων, ώστε να είναι δυνατή η κυκλοφορία του με την έναρξη κάθε ακαδημαϊκού έτους. Φροντίζει για τη διακίνηση των πανεπιστημιακών συγγραμμάτων. Εποπτεύει και συντονίζει την εκπαιδευτική δραστηριότητα των Τμημάτων ιδιαίτερα σε θέματα που αναφέρονται στο ωρολόγιο πρόγραμμα και στην πραγματοποίηση εξετάσεων. Προωθεί στη Διεύθυνση προτάσεις για έγκριση μεταπτυχιακών προγραμμάτων σπουδών. Συντονίζει επιπλέον τα θέματα των εγγραφών, μετεγγραφών και κατατακτηρίων εξετάσεων των Τμημάτων που εδρεύουν στην πόλη της Ξάνθης. Παρέχει πληροφορίες σε κάθε ενδιαφερόμενο, αναφορικά με θέματα σπουδών και έρευνας. Συντονίζει τα θέματα υγειονομικής περίθαλψης και παροχών, όπως δωρεάν σίτισης, στέγασης, φοιτητικών εκδρομών, δανείων, υποτροφιών κ.λπ. Προωθεί περαιτέρω τις αποφάσεις των ακαδημαϊκών μονάδων που εποπτεύει.
δ)Τμήμα Ακαδημαϊκών Θεμάτων Αλεξανδρούπολης στην Αλεξανδρούπολη
Το Τμήμα Ακαδημαϊκών Θεμάτων Αλεξανδρούπολης έχει ως αντικείμενο κυρίως τη διοικητική στήριξη στα ακαδημαϊκά θέματα και στα θέματα έρευνας των ακαδημαϊκών μονάδων που εδρεύουν στην Αλεξανδρούπολη. Το Τμήμα έχει ειδικότερα τις εξής αρμοδιότητες: Συντονίζει τα Ακαδημαϊκά Τμήματα που εδρεύουν στην Αλεξανδρούπολη για την ομοιόμορφη εφαρμογή των προγραμμάτων σπουδών. Μεριμνά για τη συγκέντρωση των προγραμμάτων σπουδών των Τμημάτων και την παρακολούθηση κάθε τροποποίησής τους. Μεριμνά για την έγκαιρη ετοιμασία της ύλης του Οδηγού Σπουδών των Τμημάτων, ώστε να είναι δυνατή η κυκλοφορία του με την έναρξη κάθε ακαδημαϊκού έτους. Φροντίζει για τη διακίνηση των πανεπιστημιακών συγγραμμάτων. Εποπτεύει και συντονίζει την εκπαιδευτική δραστηριότητα των Τμημάτων ιδιαίτερα σε θέματα που αναφέρονται στο ωρολόγιο πρόγραμμα και στην πραγματοποίηση εξετάσεων. Προωθεί στη Διεύθυνση προτάσεις για έγκριση μεταπτυχιακών προγραμμάτων σπουδών. Συντονίζει επιπλέον τα θέματα των εγγραφών, μετεγγραφών και κατατακτηρίων εξετάσεων των Τμημάτων που εδρεύουν στην πόλη της Αλεξανδρούπολης. Παρέχει πληροφορίες σε κάθε ενδιαφερόμενο, αναφορικά με θέματα σπουδών και έρευνας. Συντονίζει τα θέματα υγειονομικής περίθαλψης και παροχών, όπως δωρεάν σίτισης, στέγασης, φοιτητικών εκδρομών, δανείων, υποτροφιών κ.λπ. Προωθεί περαιτέρω τις αποφάσεις των ακαδημαϊκών μονάδων που εποπτεύει.