Η Διεύθυνση Μηχανοργάνωσης είναι αρμόδια για την υποστήριξη της λειτουργίας, της συντήρησης και της διαρκούς αναβάθμισης της υπολογιστικής υποδομής των Διοικητικών Υπηρεσιών του Πανεπιστημίου και διαρθρώνεται στα ακόλουθα τμήματα με τις εξής αρμοδιότητες:
Κεντρική Διεύθυνση
Συντονίζει της ενέργειες των επιμέρους Τμημάτων
Τμήμα Λειτουργίας και Συντήρησης Υπολογιστικών Συστημάτων
Είναι αρμόδιο για την τεχνική κάλυψη και υποστήριξη των Υπολογιστικών Συστημάτων των Διοικητικών Υπηρεσιών, Είναι υπεύθυνο για την εν γένει καλή λειτουργία των Υπολογιστικών Συστημάτων, τη βασική συντήρηση μηχανημάτων (υποστήριξη σε πρώτο επίπέδο), την ικανοποιητική λειτουργία των Η/Υ από άποψη λογισμικού και υλικού, με συνεχή έλεγχο απόδοσης, την παρακολούθηση, βελτίωση και συνεχή ενημέρωση του λειτουργικού και των λογισμικών προϊόντων του συστήματος, τη σύνταξη Προδιαγραφών Υπολογιστικών Συστημάτων και την ενημέρωση και εκπαίδευση των χρηστών των διοικητικών Υπηρεσιών του Πανεπιστημίου.
Τμήμα Μηχανογράφησης
Είναι αρμόδιο και υπεύθυνο για τη μηχανογραφική υποστήριξη των διοικητικής φύσης εργασιών του Ιδρύματος (Διοικητικών, Οικονομικών, Φοιτητικών Γραμματειών και άλλων. Έχει την φροντίδα για τη συνεχή βελτίωση της μηχανογραφικής υποστήριξης και την κάλυψη των λοιπών δραστηριοτήτων του Πανεπιστημίου με την ανάπτυξη νέων εφαρμογών. Προπαρασκευάζει τα απαιτούμενα στοιχεία, εκτελεί και συντηρεί τις τρέχουσες μηχανογραφικές εφαρμογές. Εκπονεί προτάσεις για νέο μηχανογραφικό εξοπλισμό (υλικό και λογισμικό). Μελετά, σχεδιάζει και υλοποιεί νέες εφαρμογές. Παραλαμβάνει προϊόντα και σχετικές τεκμηριώσεις εφαρμογών που αναπτύσσονται εκτός Πανεπιστημίου.
Τμήμα Γραμματείας
Είναι αρμόδιο για τη Γραμματειακή Υποστήριξη της Διεύθυνσης Μηχανοργάνωσης, την τήρηση Πρωτοκόλλου και Αρχείου Εισερχομένων – Εξερχομένων, την τήρηση βιβλίου απογραφής και χρέωσης υλικού, παρακολούθηση Αναλωσίμων και Παγίων της Διεύθυνσης Μηχανοργάνωσης και τη Γραμματειακή εξυπηρέτηση των υπηρεσιών της Διεύθυνσης Μηχανοργάνωσης εν γένει.
Αυτοτελές Γραφείο Μηχανοργάνωσης Ξάνθης
με σκοπό την υποβοήθηση του έργου της Διεύθυνσης όσο κυρίως την μηχανογραφική υποστήριξη της λειτουργίας (εκπαιδευτικής και διοικητικής) των μονάδων του πανεπιστημίου που εδρεύουν στην πόλη της Ξάνθης και την κάλυψη των λοιπών δραστηριοτήτων τους.
Αυτοτελές Γραφείο Μηχανοργάνωσης Αλεξανδρούπολης
ασκεί τις αρμοδιότητες της προηγούμενης περίπτωσης για τις μονάδες του Πανεπιστημίου που λειτουργούν στην Αλεξανδρούπολη.
Αυτοτελές Γραφείο Μηχανοργάνωσης Ορεστιάδας
ασκεί τις αρμοδιότητες της προηγούμενης περίπτωσης για τις μονάδες του Πανεπιστημίου που λειτουργούν στην Ορεστιάδα.