Το Τμήμα Γενικού Πρωτοκόλλου και Αρχείου φροντίζει για την τήρηση του πρωτοκόλλου (εισερχόμενη - εξερχόμενη αλληλογραφία) και διεκπεραιώνει την αλληλογραφία του ιδρύματος και τη διανέμει στις αρμόδιες υπηρεσίες του Δ.Π.Θ. Διεκπεραιώνει εξερχόμενα έγγραφα, τα αναπαράγει και τα αποστέλλει εντός και εκτός του Δ.Π.Θ. Επικυρώνει αντίγραφα με την ένδειξη «Ακριβές Αντίγραφο». Βεβαιώνει το γνήσιο της υπογραφής του προσωπικού και των πολιτών. Φροντίζει για την αναπαραγωγή των εγγράφων και εντύπων. Διαθέτει ενημερωτικά φυλλάδια για θέματα που αφορούν το Ίδρυμα. Τηρεί και ενημερώνει το Αρχείο. Τηρεί ηλεκτρονικό πρωτόκολλο και μεριμνά για τη λειτουργία και χρήση ηλεκτρονικού ταχυδρομείου διακίνησης της αλληλογραφίας. Τηρεί εμπιστευτικό πρωτόκολλο.