Το Τμήμα Γραμματείας Πρυτανείας μεριμνά για την τήρηση και διεκπεραίωση της αλληλογραφίας του Πρύτανη και των Αντιπρυτάνεων, καθώς και για τον προγραμματισμό και την παρακολούθηση των συναντήσεων, συσκέψεων, συνεδριάσεων, επισκέψεων και επαφών τους και για την υποβοήθησή τους στην άσκηση των αρμοδιοτήτων τους.