Το Τμήμα Γενικού Πρωτοκόλλου και Αρχείου, υπάγεται στην Αυτοτελή Διεύθυνση Υποστήριξης Κεντρικής Διοίκησης και είναι υπέυθυνο για την εισερχόμενη και εξερχόμενη αληλογραφία του Ιδρύματος, καθώς επίσης και τη διατήρηση του αρχείου και των εγγράφων που διακινούνται.