Εργαστήριο Μοριακής Γενετικής
Προφίλ:
Βασικό ερευνητικό ενδιαφέρον του εργαστηρίου αποτελεί η Φαρμακογενετική και Τοξικογενετική, εστιάζοντας στη μελέτη της ανταπόκρισης των οργανισμών στο χημικό περιβάλλον τους. Εφαρμόζονται γενετικές, γονιδιωματικές και λειτουργικές (μοριακές, βιοχημικές) προσεγγίσεις, προκειμένου να κατανοηθούν οι μηχανισμοί με τους οποίους οι οργανισμοί προσαρμόζονται στο χημικό περιβάλλον τους, ξεπερνώντας τις δυνητικά τοξικές επιδράσεις του ή αξιοποιώντας το προς όφελός τους.
Ειδικότερα, διερευνώνται οι παρακάτω κατευθύνσεις:
- Στον άνθρωπο: Μελέτη των γενετικών παραγόντων που επηρεάζουν την επιθυμητή ή ανεπιθύμητη (παρενέργειες) ανταπόκριση σε φάρμακα. Μελέτη γενετικών παραγόντων που επηρεάζουν την ευαισθησία στη βλαπτική επίδραση τοξικών και καρκινογόνων χημικών ουσιών (π.χ. γενετική προδιάθεση για καρκίνο και άλλα σύνθετα νοσήματα).
- Σε οργανισμούς-μοντέλα: Συγκριτική μελέτη με σκοπό την κατανόηση των παραπάνω μηχανισμών στον άνθρωπο.
- Σε μικροοργανισμούς: Συγκριτική γενετική-γονιδιωματική και λειτουργική μελέτη των μηχανισμών προσαρμογής σε ποικίλα χημικά περιβάλλοντα, μέσω βιομετατροπής δυνητικά τοξικών ουσιών ή αξιοποίησής τους μέσω του δευτερογενούς μεταβολισμού. Εξετάζονται μικροοργανισμοί με οικολογική, αγροτική ή βιοτεχνολογική σημασία, ή που ενέχονται σε διεργασίες βιοαποκατάστασης.
Το εργαστήριο διατηρεί συνεργασίες με ερευνητικές ομάδες στην Αγγλία (University of Oxford, Kingston University London), τη Γαλλία (University Paris-Descartes, University Paul Sabatier-Toulouse), την Ουγγαρία (Eötvos Loránd University of Budapest), τις Η.Π.Α. (US Department of Agriculture) κ.ά. Οι υποδομές και η έρευνα του εργαστηρίου έχoυν χρηματοδοτηθεί από εθνικά, διακρατικά και διεθνή προγράμματα, τη βιομηχανία και μη κερδοσκοπικούς οργανισμούς.
Η ομάδα έχει εφαρμοσμένο βιοτεχνολογικό προσανατολισμό, αντλώντας από την προηγούμενη ερευνητική εμπειρία της Επιβλέπουσας στη φαρμακευτική και διαγνωστική βιομηχανία.
Υποδομή:
Το εργαστήριο παρέχει σύγχρονο εξοπλισμό και τεχνογνωσία για εφαρμογή μεγάλου φάσματος τεχνικών, όπως high-throughput PCR (4x96 DNA Engine Tetrad), real-time PCR, differential scanning fluorimetry (DSF), high-throughput electrophoresis (Invitrogen 96-well dry e-gels, Biorad Experion capillary electrophoresis), pulse field gel electrophoresis (PFGE), μικροσκοπία (συμβατικό και ανάστροφο μικροσκόπιο, στεροσκόπιο), ενώ διαθέτει ακόμη εξελιγμένες δυνατότητες ανίχνευσης και ποσοτικοποίησης βιομορίων και βιομοριακών αντιδράσεων με φωτομετρία, χημειοφωταύγεια και φθορισμό (TECAN M1000 reader, nanodrop), καθώς και imager UV, ορατού και χημειοφωταύγειας (Biorad Chemidoc System). Το εργαστήριο διαθέτει επιπλέον τρεις αυτόνομους, πλήρως εξοπλισμένους χώρους, για την προετοιμασία αντιδράσεων PCR σε στείρο θάλαμο (Sterile BL1 laminar flow hood), για τη διατήρηση κυτταροκαλλιεργειών και τη διαχείρηση κυτταροτοξικών παραγόντων (Cytotoxic-safe BL2 hood, CO2 incubator, cell micro-injector κ.λ.π.), καθώς και για τη διαχείρηση μικροβιολογικών καλλιεργειών (BL2 hood, incubator, sonicator, electroporator κ.λ.π.). Τέλος, το εργαστήριο υποστηρίζει τη διαχείριση και αποθήκευση (-80οC) κλινικού-βιολογικού υλικού, με σκοπό την εξαγωγή νουκλεϊκών οξέων (DNA, RNA) ή την έκφραση-απομόνωση πρωτεϊνών (π.χ. σύστημα SDS-PAGE και Western blot, αναλυτικοί ζυγοί έως 6 δεκαδικών ψηφίων κ.λ.π.). Η ερευνητική ομάδα έχει ακόμη πρόσβαση στις κοινόχρηστες υποδομές του Τμήματος (π.χ. τεχνολογία surface plasmon resonance, GC-MS, συνεστιακή μικροσκοπία κ.ά.).
Παρεχόμενες Υπηρεσίες:
Το εργαστήριο διενεργεί συστηματική διερεύνηση βάσεων δεδομένων, με σκοπό την ταυτοποίηση γονιδίων. Οι κύριες πειραματικές προσεγγίσεις περιλαμβάνουν:
- Γενετική ανάλυση DNA (γονοτύπηση, αλληλούχηση, κυτταρογενετική ανάλυση και χαρτογράφηση γονιδίων και ρυθμιστικών στοιχείων) και RNA (ανίχνευση και ποσοτικοποίηση μεταγράφων, μελέτη της μεταγραφικής και επιγενετικής ρύθμισης γονιδίων) με εφαρμογή PCR, real-time PCR, capillary electrophoresis, PFGE, γονοτύπηση, κλωνοποίηση γονιδίων, μεταλλαξιγένεση κ.ά.
- Ανασυνδυασμένη έκφραση και βιοχημικός προσδιορισμός πρωτεϊνών (έκφραση σε E. coli, χρωματογραφία, SDS-PAGE και Western blot, ποσοτικός και ποιοτικός προσδιορισμός πρωτεϊνών, ενζυμικές δοκιμασίες, DSF κ.ά.).
- Κυτταροκαλλιέργειες (κύτταρα θηλαστικών) και μικροβιολογικές καλλιέργειες μη παθογόνων μικροοργανισμών.
- Ασφαλή διαχείριση κλινικών και άλλων βιολογικών δειγμάτων, καθώς και χημικών-κυτταροτοξικών παραγόντων για μελέτη της δράσης τους in vitro και σε κύτταρα.
Δυνατότητα εφαρμογής των παραπάνω εργαλείων για βιοϊατρικές (μοριακή διαγνωστική, φαρμακολογία-φαρμακογενετική και τοξικολογία-τοξικογενετική) και περιβαλλοντικές (διαχείριση και βιοαποκατάσταση) μελέτες.
318 εμφανίσεις